Λόγω της γεωγραφικής θέσης της, η Αστυπάλαια έχει πλούσια ιστορική διαδρομή από την 3η χιλιετηρίδα π.Χ. . Μεγάλο μέρος των καταγραφών αυτών έχουν συγκεντρωθεί στο Αρχαιολογικό Μουσείο του νησιού (Πέρα Γυαλός). Αρχαιολογικοί χώροι και μνημεία βρίσκονται διάσπαρτα στις θέσεις Μαλτεζάνα, Σχοινώντα, Βαθύ, αλλά και στη Χώρα.
Έντονες είναι και οι επιρροές κατά τη προβυζαντινή και μεταβυζαντινή εποχή, με εκκλησίες και γραφικά ξωκλήσια που ξεπερνούν τα 400 σε όλο το νησί. Περίφημο είναι το κάστρο της Αστροπαλιάς στη Χώρα ενώ σημαντικό ιστορικά ήταν και το δυσπρόσιτο κάστρο του Άι Γιάννη.